В 1991 году стал профессором в Ганноверском университете имени Готфрида Вильгельма Лейбница (преемник Bernd Tokarz) и директором Института проектирования конструкций и строительных методов.
В 1992 году основал собственную компанию под своим именем Werner Sobek с офисами в Штутгарте, Франкфурте, Лондоне, Нью-Йорке, Москве, Сан-Пауло и Дубаи. В компании работает более 220 сотрудников, которые специализируются на всех типах зданий и конструктивных материалах. Особое внимание уделяется лёгким несущим конструкциям, высотным зданиям, светопрозрачным фасадным системам, специальным конструкциям из стали, стекла, титана, ткани и дерева, а также концепциям устойчивого развития.
Начиная с 1994 года Вернер Зобек — профессор в Штутгартском университете, директор Института лёгких конструкций и Центральной лаборатории по проектированию объектов строительства. В 2000 году под его руководством Институт легких конструкций и Институт проектирования и строительства объединяются в Институт легких конструкций и концептуального дизайна (ILEK).
С 2002 года является членом палаты архитекторов федеральной земли Баден-Вюртемберга, членом Ассоциации немецких архитекторов (BDA), а также членом Германской академии городского и регионального планирования (DASL).
С 2008 до 2014 г был профессором Мис ван дер Роэ в Иллинойском технологическом институте.
Принимал участие в основании, с 2007 по 2013 года входит в состав директоров и с 2008 по 2010 года является Президентом Совета по экологически чистым и устойчивым зданиям Германии (DGNB).
Вернер Зобек является членом совета попечителей федерального фонда Германии «Культура строительства» и с 2013 года является членом совета директоров IZKT (Международного центра культуры и технологических исследований).
